Für die elektronische Kommunikation in der Landesverwaltung betreibt die HZD eine Public Key Infrastructure, die sogenannte Hessen-PKI. Bei diesem Verschlüsselungsverfahren kommen spezielle Zertifikate zum Einsatz. Diese ermöglichen es den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern, digitale Nachrichten samt Anhängen verschlüsselt zu senden – vorausgesetzt, auf Empfängerseite liegt ebenfalls eine PKI-Zertifizierung vor.
Seit 2007 ist die Hessen-PKI an die Verwaltungs-PKI des Bundes angegliedert, die durch das Bundesamt für Sicherheit in der Informationstechnik (BSI) betrieben wird. Dort ist auch die oberste Zertifizierungsstelle – die so genannte Stamm- oder Wurzelzertifizierungsstelle – angesiedelt. Ihre Aufgabe ist es, für die gesamte Verwaltungs-PKI durchgängig eine sehr hohe Qualität zu garantieren.